
Hannover 96 został założony 12 kwietnia 1896 r. jako Hannoverscher FC 1896. Klub początkowo skupiał się na lekkiej atletyce oraz rugby. Piłka nożna zyskała na ważności w 1899 r. W 1913 r. doszło do połączenia klubu z Ballverein Hannovera von 1898 i powstania Hannoverscher Sportverein (HSV) von 1896. Mimo, iż w herbie klubowym widzimy trzy kolory: czarny, biały i zielony (barwy Hannoverscher FC) to nowy klub przyjął jako swoje podstawowe barwy czerwono-czarne (w takich strojach występowali gracze Ballverein).
W czasach Trzeciej Rzeszy klub występował w Gauliga Niedersachsen jako SV Hannover 96. W 1938 r. klub zdobył swoje pierwsze mistrzostwo Niemiec. W meczu decydującym o mistrzostwie pokonali w powtórzonym meczu ekipę Schalke 04 Gelsenkirchen 4-3 (w pierwszym padł remis 3-3). W 1942 r. zespół przeniósł się do nowoutworzonej Gauliga Südhannover-Braunschweig.
Po zakończeniu II wojny światowej klub grał w Oberliga Nord. W 1954 r. Hannover 96 zdobył swój drugi tytuł mistrzowski pokonując w decydującym meczu ekipę 1.FC Kaiserslautern aż 5:1. Był to zaskakujący wynik zważywszy na fakt, iż w pokonanej ekipie grało aż pięciu piłkarzy, którzy znaleźli się w reprezentacji Niemiec, która zdobyła w tym samym roku Mistrzostwo Świata.
W 1963 r. utworzono w Niemczech Bundesligę. Klub z Hannoveru znalazł się jednak w Regionalliga Nord (ówczesna druga liga). Na drugoligowym "froncie" klub grał do 1975 r. kiedy to spadł do trzeciej ligi, z której wrócił po jednym sezonie. Przez kilkanaście lat zespół grał nieprzerwanie na zapleczu niemieckiej ekstraklasy. W tym czasie przeżył dwa bardzo poważne kryzysy finansowe (koniec lat 70-tych i początek 90-tych).
W 1992 r. klub odniósł spektakularny sukces zdobywając Puchar Niemiec (po raz pierwszy od chwili utworzenia Bundesligi klub z niższej ligi zdobył to trofeum). W drodze po DFB-Pokal Hannover pokonał grające w pierwszej lidze zespoły Borussii Dortmund, VfL Bochum, Karlsruher SC, Werderu Bremen oraz Borussii Moenchengladbach.
Niestety w stulecie istnienia klubu Hannover 96 spadł do trzeciej ligi, gdzie grał przez następne dwa lata. W 2002 r. klub awansował po raz pierwszy do Bundesligi wygrywając w imponującym stylu drugą ligę (zdobył 75 punktów w 34 meczach; bilans bramkowy 75:27). Swoje spotkania Hannover rozgrywa na stadionie AWD-Arena, który został zbudowany w 1954 roku (poprzednia nazwa to Niedersachsenstadion). Stadion może pomieścić 49,951 widzów.